Eu não acho que exista uma explicação oficial no universo para isso, mas depois de terminar Lost Stars, eu tenho duas teorias pessoais sobre o porquê (assumindo que ele ainda estava no navio, e não tinha sido transferido desligado)
Enquanto Thane Kyrell era um oficial, ele era apenas um piloto de gravata, então não necessariamente estaria envolvido em qualquer uma das operações diárias do navio. E ele certamente não estaria na ponte ou em qualquer tipo de centro de comando. Quando o "teste de armas" inicial em Jedha foi realizado, os Tie Fighters não foram embaralhados, então ele não tinha como realmente testemunhar o evento em primeira mão. Em um navio tão grande quanto a Estrela da Morte, ele pode nem ter conhecimento disso, ou apenas ter ouvido falar sobre isso como um teste de arma, ou descartado como um boato.
Uma segunda explicação alternativa, assumindo que ele aprendeu sobre a destruição de Jedha em primeira mão (ou acredite nas histórias que ele pode ter ouvido na bagunça do policial), que poderia ter sido apenas outra razão para ele continuar odiando o Império, mas levou a destruição de Alderaan e todas as vidas inocentes que foram mortas que finalmente o empurraram para desertar.