O número do eTicket (que é exatamente o mesmo que um número de bilhete de papel) é o identificador do seu documento de viagem real. O número do bilhete é determinado pela companhia aérea que registra sua viagem (não pelo agente de viagens) e é usado para rastrear as finanças por meio das várias agências de relatórios das companhias aéreas. Os primeiros três dígitos identificam a companhia aérea que emitiu o bilhete (que nem sempre é a companhia aérea na qual você está voando).
O Número de Itinerário, como Burhan mencionou, é simplesmente um número de rastreamento para o sistema de reservas específico através do qual você fez uma reserva, seja uma OTA (agência de viagens on-line), um bricks & argamassa agência, empresa de turismo, etc. É realmente aplicável apenas quando se fala com a agência / agente que fez suas reservas. Os GDS (sistemas de distribuição global - sistemas de redes de viagens usados por agências de viagens) também emitem seu próprio Número de itinerário ou ID de reserva.
A referência de reserva, também conhecida como PNR (Passenger Name Record) ou Record Locator, é o identificador interno da companhia aérea para a sua reserva de voo no sistema de computador. É gerado pelo sistema de computador da companhia aérea, não pelo agente de viagens ou pelo GDS. Se os seus voos envolverem companhias aéreas diferentes, normalmente há PNRs separados para cada operadora para uso em seus respectivos sistemas, mas você pode receber apenas as PNR das companhias aéreas que emitirem bilhetes (a menos que você peça especificamente para todos). Ao falar diretamente com a companhia aérea em que você estará voando, você precisará conhecer o PNR para essa companhia aérea específica.
Como sempre acontece, sempre há exceções, já que algumas companhias aéreas (como grandes players em alianças) compartilham mais dados entre si, permitindo maior flexibilidade no acesso a reservas (como referenciamento por e-Ticket de outra operadora, etc.)