Não há nenhuma resposta definitiva no cânone que eu conheça (incluindo qualquer recurso extra do DH2 Blue-Ray, entrevistas ou o roteiro).
No entanto, no filme DH2, os Comensais da Morte são capazes de aparatar pelo castelo durante a batalha (e Voldemort, ao lutar contra Harry também); o que significa que o Jinx anti-aparatação não está mais em vigor.
Possíveis explicações são as seguintes:
Voldemort conseguiu quebrar os feitiços anti-desaparecimento quando ele quebrou as barreiras
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Ou eles foram sabotados por Snape mais cedo por ordem dele, atuando como diretor. Como podemos ver em Príncipe Mestiço script do filme, Harry e Dumbledore aparataram na Torre de Astronomia, e Dumbledore disse a Harry que ele pode abrir / fechar "janelas" para aparatação, como Diretor:
DUMBLEDORE: Take my arm.
HARRY: Sir, I thought one couldn'ta apparate within Hogwarts.
DUMBLEDORE: Being me has its privileges.
EXT. ASTRONOMY TOWER - NIGHT (MOMENTS LATER)
Harry and Dumbledore materialize on the rooftop ...
...
Harry ... sees Dumbledore MUTTERING WEARILY as he GESTICULATES with his blackened hand.
HARRY: Sir, are you... praying?
DUMBLEDORE: (smiling faintly) No, Harry. I do not pray. I was merely closing a window -- the one that had allowed us to Apparate.