O que você quer fazer foi feito com sucesso. Há um vídeo e instruções aqui:
Bolo Guinness assado em copos Guinness
Eu acredito que o maior risco de choque térmico viria quando você remover os bolos do forno. Não retire os copos da assadeira e coloque-os em uma bancada fresca (isso pode quebrar algum vidro seguro contra calor). Deixe esfriar na assadeira em um rack de arrefecimento ou em um suporte de panela / toalha.
No que diz respeito ao logotipo pintado no vidro, se ele for produzido comercialmente, o logotipo teria sido processado / cozido por calor, de modo que o calor em seu forno não seja um problema.