De acordo com a discussão aqui parece que um "capitão de cruzeiro" é o capitão que voa somente durante o estágio de cruzeiro do cruzeiro. Você pode encontrar uma listagem de empregos em "capitão de cruzeiro" aqui mas não elabora muito sobre os deveres. Para atuar como o piloto no comando (pelo menos por FAA regs) eles teriam que ser atuais e tipo certificados na aeronave em questão. Parece que o termo é mais uma frase e os regulamentos não são diferentes para um capitão de cruzeiro. Em vôos muito longos, que podem exigir 3 tripulações completas, haverá uma tripulação na seção intermediária do voo que nunca vê decolagem ou aterrissagem do cockpit.
O relatório que você vinculou nos comentários define o capitão do cruzeiro na nota de rodapé na página 3.
Cruise Captain in this report refers to a pilot certificated as cruise captain by the Malaysian Aviation Authority, and is qualified by the company to act as PIC during cruise only and who was engaged in the operation of the aircraft.
Parece que o "Capitão dos Cruzeiros", neste caso, é um termo da Autoridade de Aviação da Malásia (embora possa ser aplicado em outro lugar também). Eu estou procurando o regulamento real que o define, mas ainda não os encontrei.