Não consigo encontrar nada de diretores ou elenco que sugira que esse seja o caso. O resto da minha resposta é opinião, pelo que vale a pena. Ouça a cena de abertura, citada abaixo. O roteiro vinculado na pergunta não combina totalmente com o que fez o corte final do filme, então eu citei o filme em si aqui. Ouça os tons em suas vozes, que não posso digitar aqui.
CYPHER "You weren't supposed to relieve me."
TRINITY "I know but I felt like taking a shift."
CYPHER "You like him, don't you? You like watching him?"
TRINITY "Don't be ridiculous."
CYPHER "We're going to kill him. Do you understand that?"
TRINITY "Morpheus believes he is the One."
CYPHER "Do you?"
TRINITY "It doesn't matter what I believe."
CYPHER "You don't, do you?"
As palavras e o tom de Cypher me dizem duas coisas. Ele não estava esperando que Trinity estivesse lá ... e ele não quer Trinity lá. Ele acredita que eles vão matar essa pessoa. Eles também me dizem que ele já perdeu a fé na missão e em Morfeu. É claro que, neste momento, não apreciamos totalmente toda essa nuance, mas está lá quando você volta e ouve.
A voz de Trinity carrega convicção também. Mas a dela é uma crença na missão e em Morpheus. Eu não acho que ela acredita totalmente em Neo neste momento, mas ela acredita na busca por The One.
Então ... há um pop na linha ...
TRINITY "Did you hear that?
CYPHER "Hear what?"
TRINITY "Are you sure this line is clean?"
CYPHER "Yeah, 'course I'm sure."
Duas coisas desse pouco. Primeiro, essa troca não teria acontecido se eles estivessem juntos. Segundo, ouvindo isso, sabendo o que acontece mais tarde no filme, ouvindo o tom de Cypher ... ele já estava planejando algo. Talvez ele fosse se encontrar com Smith, talvez apenas comprometendo uma linha dura, talvez apenas deixando uma mensagem para um agente ... Eu não sei. Mas Trinity estragou seus planos.
Além disso, acredito que a cena em que Cypher fala com Trinity por telefone enquanto puxa os plugues de Apoc e Switch fala por si mesma a esse respeito. Trinity fica chocada e horrorizada por sua traição, e mesmo diante disso, ela olha para Neo e responde "sim" à sua última pergunta. Sim, ela acredita que Neo é o único.
Então, não. Trinity nunca trabalhou com a Cypher.