Uma coisa que você pode fazer é introduzir um elemento fora do jogo quando começar a fazer um. Tocar música, mudar a iluminação, o que você pode fazer isso será perceptível, mas não perturbador.
Não explique o que você está fazendo, faça o primeiro flashback usando este método realmente óbvio. À medida que você continua a fazer isso toda vez que eles estão em flashback, as pessoas começarão a perceber as pistas sem que você explique explicitamente "Isto é um flashback!". Para pontos de bônus, faça algo que você possa mudar gradualmente, para que eles não percebam isso acontecendo no começo. Dessa forma, você ainda pode ter sua confusão, mas esclarecer à medida que o tempo passa pela mudança de estímulos sem quebrar o clima.