Eles são afetados por raios como qualquer outra pessoa - eles ainda são humanos (ok, metahuman).
O relâmpago MAIS a matéria escura liberada pela explosão do acelerador de partículas foi o que transformou Barry no Flash e lhe deu acesso à Força da Velocidade.
Como vimos anteriormente com outras metas que aproveitam as potências elétricas, Barry ainda pode sofrer um dano elétrico e ser prejudicado por ele, e o raio é apenas uma grande carga elétrica.
Então, em resumo, sim - se ele for atingido por um raio, é perfeitamente compreensível que seu coração possa ser parado por isso.