Muitos países precisam de API (Advanced Passenger Information) para passageiros antes da partida ou chegada. Isso inclui o número do passaporte.
Embora isso não seja obrigatório no momento da reserva de bilhetes, é necessário antes do check-in. Isso geralmente pode ser feito no balcão ou por meio de check-in on-line.
Veja isto Emirates Airlines como um exemplo do porquê e como uma companhia aérea que coleciona esta informação.
If you are travelling to one of these countries, you can still use online check-in where available, provided that all of the relevant passport information for you and anyone travelling with you has been completed. If any passport information is missing or incorrect, you can add or edit that information through the online check-in system.
Atualização:
A China é um país da lista que requer API.
Os EUA são um país que exigirá informações adicionais.
As próprias companhias aéreas não precisam do seu número de passaporte, elas só precisam de algo para identificá-lo. A maioria dos vôos domésticos em muitos países nem exige que você tenha um passaporte.