Use uma bomba de vácuo. Pessoas que despejam borracha líquida em moldes usam uma câmara de vácuo para tirar as bolhas; Já ouvi falar de pessoas que desgaseificam o vinho com uma bomba de vácuo (veja esses vídeos do youtube , por exemplo ); Eu não saberia por que não funcionaria para sopa.
A questão é claro, onde você recebe uma bomba de vácuo. Se você está fazendo isso em uma cozinha comercial, tenho certeza de que existem canais onde você pode obter um profissional. Para o cozinheiro caseiro (como eu), uma opção (inspirada em um desses vídeos) seria colocá-lo em uma garrafa de vinho e depois usar um protetor de vinho; Vacu Vin é uma marca bem conhecida. Você provavelmente não vai querer encher a garrafa mais da metade, especialmente se o líquido for muito grosso; as bolhas no líquido se expandirão muito se você diminuir a pressão, e aumentará o nível do líquido.