Substitua o novo telhado. Claramente você escolheu errado em um telhado transparente, não tingido. É possível que uma mancha / corante de algum tipo (aplicada na parte de baixo do telhado) possa bloquear alguma luz solar, mas espero que ela descore muito rapidamente daquela luz solar.
Se a substituição do telhado não for aceitável, talvez você precise adicionar aberturas para incentivar mais circulação.