Resposta curta : o núcleo da distorção é protegido, mas não o tempo todo.
Long Answer : como Richard e eu discutimos nos comentários, o núcleo da dobra é capaz de ser colocado em um campo de força de contenção. Embora aparentemente esses campos sejam principalmente para proteger a tripulação no caso de uma violação, para que possam evacuar a Engenharia e ejetar o núcleo, sugiro que os campos de contenção também sejam capazes de absorver a energia de um phaser manual.
Em TNG: The Game , o pessoal da ponte tenta pegar Wesley bloqueando corredores com "campos de segurança". Wesley, em seguida, configura um phaser para disparar no campo como um equívoco. Apesar dos campos de segurança serem destinados a controlar pessoas, incluindo intrusos armados, não há razão para acreditar que eles sejam significativamente diferentes de um campo de contenção em forma ou função. E como um campo de contenção deve, em teoria, ser capaz de absorver a energia de uma violação do núcleo da dobra, mesmo que por apenas um segundo, não há razão para acreditar que ele não poderia também absorver a menor energia de um phaser.
Quanto ao motivo pelo qual os campos de contenção nem sempre estarão ativos ou ativados automaticamente em um alerta vermelho, não há informações que considerem esse aparente descuido no SOP da Starfleet.