Você está certo em sua suposição de que foi causado pelas anomalias gravitacionais em sua casa. Mais precisamente, foi a pequena dilatação do tempo gravitacional causada pelas anomalias. Este interferiu no GPS dos tratores, já que o funcionamento do GPS depende dos satélites que se acomodam com precisão para sua dilatação de tempo em relação ao tempo na superfície da Terra, de forma que desvios mínimos da dilatação do tempo podem confundir o sistema e resultar em erros. Isto é mencionado até certo ponto por Cooper depois de consertar os tratores quando ele diz:
I had to reset every compass clock and GPS to offset for the anomaly.
Então foi o GPS que estava de alguma forma errado, mesmo que o Cooper não soubesse a causa exata ainda.
Esta explicação também é apoiada por Kip Thorne, o astrofísico que co-produziu e aconselhou o filme desde sua concepção mais antiga, em seu livro The Science of Interstellar , onde ele escreve
[The GPS] would fail if the signal transmission times were the true time measured on the satellite. Time at 20,000-kilometer height flows more rapidly than on Earth by forty microseconds each day, and the satellites must correct for this. They measure time with their clocks, then slow that time down to the rate of time flow on Earth before transmitting it to our phones.
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The GPS system that Cooper has adapted to control harvesting machines, as they roam through the fields, has also gone haywire, and a bunch of harvesters have converged on his farmhouse. He attributes this to gravitational anomalies that screwed up the gravity corrections that any GPS system relies on.
E desta forma este incidente se liga diretamente e prenuncia não apenas a proeminência da gravidade na história do filme, mas seu efeito sobre a passagem do tempo especificamente.