Dado que o software de controle da armadura foi editado por Vanko e um backdoor foi instalado, espero que qualquer backdoor de Tony tenha sido fechado por Vanko.
Nós também nunca vemos War Machine ou Iron Patriot conversando com JARVIS, então é possível que aquela armadura (que, se você se lembrar, Stark tinha a intenção de Rhodes ter) estivesse rodando uma versão simplificada do sistema operacional.
Mais cedo, quando Rhodes acabara de roubar a armadura do Homem de Ferro, Tony estava extremamente bêbado. Quando você está bêbado, mesmo quando você é Tony Stark, você tende a se concentrar em uma coisa para a exclusão de todo o resto. Tony se concentrou em espancar Rhodes. Ele provavelmente não queria pedir J.A.R.V.I.S. para desligá-lo ou expulsá-lo - então Tony não poderia ter lutado com Rhodes, ele teria acabado de matá-lo (o que Tony, mesmo bêbado, não queria).
Tenha em mente, porém, que Tony queria que seu amigo tivesse a armadura. Rhodes tinha acesso de segurança ao cofre, era um usuário autorizado para a armadura e foi configurado para uso imediato. Tony poderia provavelmente ter expulsado Rhodes da armadura (se ele quisesse e estivesse sóbrio o suficiente para considerar isso), mas ele não desejava verdadeiramente fazê-lo. Em sua mente, lutar pela armadura (e aprender como usá-la no processo) tornaria Rhodes melhor em usá-la para combater o mal (lembre-se, Tony estava certo de que ele iria morrer em breve) e menos propensos a entregá-lo aos outros. Psicologia básica: quanto mais você lutar por algo, menos disposto você está em desistir.