Não é uma resposta muito boa, já que não posso citar fontes oficiais, mas pode ser útil e é muito longa para um comentário.
Eu sou britânico e minha esposa é originalmente filipina, mas agora é cidadã dupla. Nós não fizemos uma viagem completamente sua, mas fizemos alguns semelhantes.
Nosso filho nasceu nas Filipinas, mas nos mudamos para o Reino Unido enquanto ele ainda era bebê. Eu fui em frente, então minha esposa e meu filho viajaram sozinhos. Ela tinha um passaporte filipino e ele tinha um passaporte no Reino Unido. Eles não tiveram problemas em nenhum dos lados. Claro, minha esposa precisava de um visto, mas isso já havia sido providenciado.
Minha esposa e eu levamos a filha de sua irmã das Filipinas para o Reino Unido. Isso foi mais complicado porque nenhum dos pais dela estava viajando. Precisávamos de um documento formal dos pais dando seu consentimento e isso foi verificado com cuidado quando saímos das Filipinas.
Mais tarde, quando ele era mais velho, mas ainda criança, nosso filho viajou para as Filipinas com sua prima que também ainda era criança. Ele tinha os dois passaportes e ela tinha apenas filipino. Eles não tiveram problemas em nenhuma direção.
Muitos amigos filipinos viajaram do Reino Unido ou da França para as Filipinas com seus filhos, mas sem os pais. Nenhum realizou nenhum procedimento especial ou teve algum problema. Eles simplesmente compraram os ingressos e entraram no avião. Eu não conheço nenhum filipino na Alemanha.
Seu filho terá direito a dupla cidadania, mas você realmente tem ambos os passaportes para ele? Isso pode facilitar, pois não haverá dúvidas de que ele pode entrar em qualquer um dos países.
Desde que você estará viajando com ele, eu não espero um problema. Se você quiser ser muito cauteloso, entre em contato com a embaixada filipina na Alemanha antes de sair. Para um menor grau de cautela, pegue uma carta do pai dando seu consentimento. Traga cópias da identificação do pai, por exemplo passaporte e carta de condução. Também traga a certidão de nascimento do seu filho. Para maior cautela, consiga a carta de consentimento que você presenciar uma pessoa tão importante quanto puder.