Eu sinceramente não li muito sobre a questão da mudança de cor, já que o próprio neuralizador é realmente uma espécie de MacGuffin . Eles não são o principal ponto de condução do filme como um MacGuffin real, mas eles existem simplesmente para fornecer uma explicação para a pergunta: "E as pessoas que testemunham alienígenas ou os problemas que causam enquanto estão na Terra?".
Nunca nos é dito exatamente como funcionam os neuralizadores (se bem me lembro), só que eles estão acostumados a apagar as memórias de qualquer um que tenha testemunhado alienígenas que não deveriam ter. Como tal, a sua existência no filme é apenas uma solução simples para o que de outra forma seria uma resposta complexa, e a mudança de cor entre eles poderia ser apenas um erro de continuidade.