Pelo artigo da Memória Alfa em B-4 :
According to the original Star Trek Nemesis script, the android B-4 ("before") was named "B-9" ("benign"). Also according to the script, the android was taken from its homeworld by the Pakleds and traded to the Bolians. He ultimately encountered some Cardassians, who tossed him into a garbage chute and out into space, where he was found by Talosians. It was also revealed that Shinzon had learned of the prototype android through a Cardassian historian. None of this, however, made it to the final version of the script. The novelization names him as "Be-Fore".
Parece que "B-9" foi originalmente escolhido como um jogo de palavras para "benigno", mas foi substituído por "B-4" para ser um jogo com a palavra "antes". Isso também se encaixa em sua história como um andróide menos avançado que veio antes de seus irmãos Lore e Data. O artigo sobre andróides do tipo Soong faz menção a três protótipos que antecederam o Lore / Dados (de acordo com um Citação do episódio TNG " Herança "), o que significa B-4 estava entre estes (embora nós não sei a ordem).
Mas isso não resolve o motivo fora do universo do motivo pelo qual ele foi alterado. É possível que seja para o que você mencionou (B9 já é de Lost in Space ), mas eu não encontrei nenhuma referência a ele.