Eu vejo duas explicações que fazem sentido:
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Yoda estava muito fraco, fisicamente, para ser de alguma utilidade. Ele era mais velho, e viver em Dagobah certamente havia prejudicado sua força física. Sua conexão com a Força poderia ter sido mais strong do que durante as Guerras Clônicas, mas seu corpo certamente poderia ter ficado mais fraco. Não há garantia de que ele teria sido de alguma utilidade em uma briga com blasters e sabres de luz, e possivelmente poderia ter sido um obstáculo.
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Yoda teria tornado a probabilidade de sua fuga ainda menos provável. Yoda estava escondida em Dagobah, mascarada pela strong aura do lado negro do planeta. Podemos presumir que nem mesmo o Imperador estava ciente do treinamento de Luke com ele. Vader e Palpatine presumiram que Luke estava treinando sozinho após a morte de Obi-Wan, e provavelmente pensaram que sem um professor, ele poderia facilmente ser transformado no Lado Negro. Lembre-se: Vader LET Luke e seus amigos escapam de Bespin. Se ele quisesse que eles morressem desde o começo, eles estariam mortos. Se Yoda tivesse confrontado Vader com Luke, o plano de Vader provavelmente teria mudado rapidamente de tentar transformar Luke em querer matá-los o mais rápido possível.
Também não é impossível que uma parte de Yoda queria que Leia fosse resgatada, caso Luke eventualmente caísse no Lado Negro.
Mantendo isso em mente, vamos analisar os possíveis resultados:
Yoda e Luke ficam: Luke é a última esperança, será mais facilmente transformada por causa do pesar e da raiva que seus amigos foram mortos / capturados.
Yoda e Luke vão: Ambos são provavelmente mortos por Vader. Leia capturado. A esperança está perdida.
Yoda fica, Luke diz: Luke confronta Vader. Leia deu uma chance para escapar. Vader pode não matar seu filho. Yoda relaxa na cabana de pântano com seu novo brinquedo de lanterna.
Yoda está apostando em uma perspectiva que parece ser a única maneira de manter Luke longe do lado negro e manter sua própria presença escondida. Ele certamente se lembra do que aconteceu da última vez em que um Skywalker perdeu alguém que eles pensaram poder salvar, e por mais macabro que pareça, ele provavelmente acha que Luke está melhor morto do que dar o Imperador Darth Vader 2.0.