Torchwood, como instituição, tem sempre conhecimento sobre o The Doctor. Foi iniciado com o objetivo explícito de proteger a Grã-Bretanha dele e outras ameaças alienígenas. Como tal, pode-se presumir que o Torchwood Three (a filial de Cardiff incluída na série), pelo menos durante a batalha em Canary Wharf, onde o Torchwood One foi destruído, sabia tudo sobre o Doctor.
Em relação à equipe de Torchwood Three durante o curso da série:
- Jack, é claro, sabia sobre o Doutor desde a sua introdução no episódio Doctor Who "The Empty Child", muito antes de Torchwood
- Como membro da Torchwood, Tosh (quando ela apareceu no episódio Doctor Who "Aliens of London") o conheceu, e provavelmente teria sabido quem ele era. Mesmo que ela não o reconhecesse imediatamente, seu conhecimento de biologia alienígena deveria tê-la desviado rapidamente quanto a sua identidade.
- Tosh afirma que ela estava "cobrindo Owen" naquele momento daquele episódio, significando que ambos trabalharam para Torchwood antes de Canary Wharf, e assim Owen também deveria ter conhecimento de The Doctor, embora até onde sabemos, eles nunca se encontraram.
- Por melhor que eu possa determinar, nem Gwen nem Ianto sabiam algo específico sobre The Doctor antes de "The Stolen Earth". Jack mencionou-o (geralmente de forma enigmática) algumas vezes, mas por outro lado não havia reconhecimento para nenhum deles quando Ten contatou Torchwood durante aquele episódio.
Após a destruição de Torchwood One, o Capitão Jack assumiu o controle de Torchwood Three e tentou mudar sua atitude geral sobre os alienígenas. Não está claro quanto da antiga informação de Torchwood sobre o Doutor teria permanecido, embora fosse inteiramente para Jack apagar o máximo possível. Isso explicaria como Ianto, que passou muito tempo vasculhando os arquivos do computador, poderia ficar inconsciente dele.