Apenas a primeira opção é válida: Ter a vara metamágica não faz nada enquanto prepara os feitiços. Eles só são eficazes se o conjurador estiver segurando a vara enquanto conjura a magia.
Em d20pfsrd :
Metamagic rods hold the essence of a metamagic feat, allowing the user to apply metamagic effects to spells (but not spell-like abilities ) as they are cast.
Ênfase minha.