Wolverine foi baleado na cabeça e ele está nocauteado, mas para mim parece claramente que a bala está sentada em sua cabeça no vídeo em sua pergunta. Enquanto sua pele se cura, a bala explode. (A resposta de Valorum confirma isso com uma citação da novelização.)
Portanto, a bala não parece ter passado pelo crânio de Adamantium. E se tivesse, e seu cérebro fosse danificado pela bala, ele teria sofrido perda de memória depois que o cérebro se regenerasse. Isso aconteceu em X-Men Origens: Wolverine quando Stryker atirou nele com duas balas Adamantium (ou Vibranium, possivelmente). Em X2 , não há perda de memória porque a bala não danificou seu cérebro.
O crânio Adamantium do Wolverine pode ter dois buracos de balas nas balas Adamantium da Stryker ( veja essa resposta ), então ele poderia ser danificado por uma bala comum no mesmo ponto agora, se ele fosse extremamente azarado. No entanto, de acordo com esta resposta , o revestimento de Adamantium em seu crânio poderia ter se regenerado também. Em qualquer caso, a bala regular em X2 claramente não atingiu o mesmo ponto. Compare os buracos de bala de Adamantium na primeira foto com o "buraco" de bala regular no segundo:
De qualquer forma, a resposta para o título da sua pergunta é "não". Balas normais não passam por Adamantium.