Depende do que você quer dizer com sua forma "natural".
Até onde podemos dizer, o visual azul espetado é a aparência "normal" da Mystique como um mutante; qualquer outra forma é algo que ela tem que afetar intencionalmente. (Vemos isso, por exemplo, quando ela é nocauteada e sua mudança de forma termina, essa é a forma que ela assume.)
No entanto, parece provável que sua forma humana "usual" seja, de fato, sua aparência natural pré-mutação. Podemos ver isso no terceiro filme X-Men , X-Men: Last Stand . Neste filme, Mystique é "curada" de sua mutação. Uma vez que sua mutação é desativada, ela retorna ao seu aspecto humano, que é apenas a aparência normal de Rebecca Romijn, para o restante do filme.