Como afirmado por Timatic , o banco de dados usado pelas companhias aéreas:
Visa required, except for Nationals of Philippines with a visa issued by Australia, Austria, Belgium, Canada, Cyprus, Czech Rep., Denmark, Estonia, Finland, France, Germany, Greece, Hungary, Iceland, Ireland (Rep.), Italy, Latvia, Liechtenstein, Lithuania, Luxembourg, Malta, Netherlands, New Zealand, Norway, Poland, Portugal, Romania, Slovakia, Slovenia, Spain, Sweden, Switzerland, USA or United Kingdom if in transit through Korea (Rep.) [for max 30 days].
O Japão não está na lista. Então, infelizmente, você faz precisa de um visto