Sim, eles empilham como a regra que você cita diz, se a classe específica diz que eles fazem. Este é um exemplo de design baseado em exceção - a regra geral é "apenas uma classe conta" mas então as regras específicas nas outras classes podem dizer "mas eu faço".
Nem todas as classes de prestígio são iguais, portanto, você deve ler atentamente o benefício de Spellcasting. Neste caso, Arcane Trickster diz "eu empilho".
Mas as classes que não dizem essa frase, como Wizard e Sorcerer, não empilham. No seu segundo exemplo, o lançamento de feitiços de Loremaster é escrito como Arcane Trickster (como se ela tivesse ganhado um nível em uma classe de conjuração pertencia a ...), e você precisaria decidir se quer que ele empilhe em seu lançamento de feiticeiro de 5º nível ou seu conjurador de feiticeiro de 3º nível completamente separado. Assumindo o primeiro, você lançaria seus feitiços de caça-níqueis no nível 8 e seus de seus feiticeiros no nível 3.
É meio óbvio o porquê disso, a ideia principal por trás do design de classe de prestígio é "continuar o que você estava fazendo, um caminho um pouco mais estranho" e, portanto, penalizar completamente um conjurador por meio de, por exemplo. diminuir a metade de suas habilidades de feiticeiro seria indesejável (mesmo assim, muitos não adicionam um nível de conjurador em todos os níveis e têm um ou dois níveis de "penalidade".