Depois de "Double Jeopardy", não há menção a Harlan novamente, então (até onde eu sei), não há resposta canônica quanto ao seu destino. stargate.wikia.com, gateworld.net e StargateWiki não mencionam nada após os eventos de "Double Jeopardy".
However, in "Tin Man", he was able to re-create Robo-Teal'c after the first one malfunctioned, so it's possible that he simply created new versions of SG1 after the originals were destroyed in "Double Jeopardy".