Você também pode ache esta questão relevante já que seu caso não é muito diferente de um chip com falha.
Na minha opinião, você não deve ter problemas, especialmente considerando que o consulado francês o confirmou. O documento que está a ser emitido é de facto "passaporte biométrico" (a Ucrânia não emite nenhum outro tipo de passaporte há mais de um ano) e assim satisfaz os requisitos .
Pensando nisso, exceto poucas pessoas que se incomodaram com os leitores de NFC, ninguém faz ideia se o chip do passaporte contém algum dado. Eu tenho passaportes da UA e dos EUA, e não tenho ideia se os chips contêm alguma coisa, como nunca me preocupei em verificar.