Na França / Alemanha.
Quando você voa para o Brasil e se conecta a um voo doméstico, por exemplo, se estiver voando para São Paulo via Rio de Janeiro, você ainda entra no Brasil no Rio e, assim, obtém sua marca lá.
A mesma coisa aqui, porque o espaço Schengen é efetivamente um único país. Como você está fazendo uma conexão "doméstica" (França-Itália ou Alemanha-Itália), você precisa limpar a imigração na França ou na Alemanha e obter seu selo lá.
Certifique-se de ser carimbado, pois muitos oficiais (especialmente na França) estão com preguiça de fazê-lo, e contrariamente à crença popular, as entradas e saídas para / do espaço Schengen não são eletronicamente gravado