Ele não viu o nome do navio antes de deixar o SS Pompadour e não é aparente no script do Deep Breath que ele definitivamente ligou os dois navios juntos. Ele está apenas lendo o chip de dados.
Obviamente nós sabemos que eles estão ligados (essa é a piada), mas não há nenhuma indicação para sugerir que ele saiba:
THE DOCTOR : SS Marie Antoinette. Out of control repair Droids, cannibalizing human beings. I know this is familiar, but I just can’t seem to place it.
The Half-Face Man responds -
HALF-FACE MAN : How would you kill me?
THE DOCTOR : Sister Ship of ... (Squints closer, writing is a bit faded) ...the Madame De Pompadour.
(Considers, reflects)
THE DOCTOR : Nope, not getting it.
Obviamente, ele notou a semelhança no design dos robôs, bem como a situação, mas sua memória cheias de suíço está pregando peças nele.