Apesar das muitas semelhanças, são jogos diferentes com diferentes sistemas e configurações.
O nWoD é uma idéia reinventada. A relação entre os dois é muito parecida com a Battlestar Galactica dos anos 70 e a Battlestar Galactica dos anos 2000. Alguns conceitos fundamentais foram mantidos, outros foram significativamente alterados ao reutilizar nomes e alguns elementos são totalmente novos.
O nWoD pretendia substituir totalmente o oWod, mas a demanda pelo oWoD (e um novo editor) fez com que a linha fosse reativada.
Agora, ambas as versões do cenário são preocupações contínuas, a editora renomeou para torná-las "Classic World of Darkness" e "Chronicles of Darkness" para destacar ainda mais as diferenças. A mudança de nome está sendo aplicada mais ou menos na mesma época em que novas edições dos principais livros estão sendo produzidas (uma aquisição do detentor dos direitos autorais forneceu um novo proprietário que está autorizando o licenciado a emitir as 2ª edições).
Então, sim, trate-os como entidades completamente separadas.