Sim, esta foi a única instância do seu uso na tela.

Não foi empregado em nenhum episódio ou filme, exceto "A Consciência do Rei" , onde foi usado na seguinte cena a que você se referiu:

Dito isto, na adaptação escrita de James Blish do episódio "Court Martial", alerta vermelho duplo é usado durante uma tempestade iônica. O alerta vermelho duplo não aparece no episódio real.

Ao escrever, Blish adaptou os episódios diretamente de seus roteiros. O alerta vermelho duplo que estava no roteiro de "Court Martial" foi descartado durante as filmagens.