O filme Serenity foi feito para encerrar a história. Eles incluíram as cenas de flashback de abertura para explicar o que aconteceu no planeta. Eles ainda encerram a história com a equipe do último episódio trabalhando juntos por algum tempo (desde o último episódio).
Além dos flashbacks, o filme é definido completamente após a série. Não tenho certeza de quais interações Simon-Mal você está falando. Eles têm uma conversa clara no início em que Simon afirma que ele fez o suficiente (por ser um médico a bordo do navio). Sua discussão é mais para mostrar a autoridade de Mal ainda em conflito com a natureza protetora de Simon.