Isso faz parte do tropo Good Colors, Evil Colors . Costumava ser "preto significa mal, branco significa bom" no passado, mas devido a muitas razões, como diferentes culturas, raça e complexidade, etc, mudou.
Considere Star Wars, o bom sabre de luz era azul, o mal tinha sabre de luz vermelho (tivemos mais cores depois), o mesmo acontece em muitas outras franquias, essa diferenciação de cor também facilita para quem torcer.
Há um blog interessante sobre isso:
Someway into Season 1, it dawned on me that all Autobots have blue eyes and all Decepticons have red eyes. I could differentiate the good from the bad by their insignias and by their eye colour as well.
This consistency is singularly one of the most beautiful G1 ideas to me. I love the consistency; I also love the consistency of Autobots having yellow gunfire and yellow based equipment and the Decepticons having pink gunfire and purple based equipment, but I digress.
The Blue-eyed Autobots & Red-eyed Decepticons (BEA + RED) idea became one of the most significant elements of the Season 2 episode Attack of the Autobots. The impact of that episode, to me, resonates till this day- when an Autobot turns evil, his eye colour changes to red.
Na série de filmes eles mantiveram o mesmo para Autobots e Decepticons, mas para outros Transformer eles tinham outras cores também, o que pode ser um pouco confuso e explicado neste vídeo abaixo: