Eu acho que você está descrevendo um livro de Richard Phillips, "Segunda Nave", Livro 1 da Agenda Rho.
Embora eu não consiga encontrar uma boa narrativa descritiva (eu encontrei esta sinopse ) para corroborar todos os elementos, ajuste suficiente que eu acho que é um bom jogo.
- Navio oculto - Verifique.
- Adolescentes - verificar. Encontrado por três adolescentes
- Novos poderes - Verifique. A tecnologia na nave muda os adolescentes.
- Espécies exóticas - Verifique.
Não consegui encontrar uma descrição dos alienígenas ou dos poderes, mas, considerando os fragmentos que encontrei em vários resumos, acho que é um bom candidato.
Capa (uma versão):