Apenas para expandir a resposta de @ Christi (o que é correto: eles não estavam sendo totalmente racionais porque são humanos, e porque Angelus é um vampiro muito perigoso):
Giles e Xander tinham motivações muito diferentes para não querer devolver a alma de Angel. (Isso é típico de Xander, especialmente no começo: ele só consegue o que quer quando acontece de corresponder ao que alguém mais qualificado ou "importante" também quer.)
Ambos os problemas se concentraram no relacionamento de Buffy com ele. Se a alma de Angel fosse devolvida, presumivelmente Buffy e Angel tentariam se reconciliar, e potencialmente retomariam seu relacionamento. Um dos pontos-chave que Whedon escreveu em toda esta série é que Buffy ainda é uma adolescente humana, e tem todas as falhas normais, falhas, etc. de uma garota humana. Em particular, todo esse episódio de Angel é uma metáfora muito clara para o ex-namorado manipulador que só "brinca legal" até que ele tira a virgindade dela, e então a despeja. É muito comum para uma pessoa (especialmente um adolescente) formar um vínculo irracionalmente profundo com a primeira pessoa com quem dormiu, e deseja manter essa relação diante de inúmeros sinais que os alertam a não fazê-lo. Neste caso, Buffy tem o benefício adicional de uma boa explicação para a mudança de comportamento de Angel, e razão para acreditar (corretamente) que seu comportamento mudaria de volta se sua alma pudesse ser restaurada.
Para Giles, ele não quer ver isso acontecer por dois motivos. É claro que a principal motivação é seu ódio por Angelus e o que Angelus fez a si mesmo e a Jenny. Além disso, ele está jogando seu papel habitual como figura paterna substituta para Buffy, e está chateado com Angel pelo trauma emocional que ela passou. Giles certamente não quer ver Angel "recompensado" por ter sua alma restaurada e ter sua vida anterior, não-feliz-mas-pelo menos-satisfatória de volta. Mas além disso, ele é um Watcher, e nunca gostou da ideia de seu Slayer se tornar amigo, muito menos de namorar, um vampiro. (Da mesma forma, ele nunca aceita totalmente a ideia de Spike ser um membro da equipe.) Em sua mente, Angel revertendo para Angelus é realmente apenas o mundo se endireitando - ele está agindo como os vampiros deveriam agir. A resposta deve então ser para Buffy agir como os Slayers devem agir, e apostar nele. Se a alma de Anjo fosse restaurada, Giles teria que enfrentar o mesmo conflito interno que enfrentou o tempo todo, só que agora seu conhecimento da crueldade de Angelus é mais do que apenas acadêmico, é pessoal. Angel "provou" a Giles que, em sua essência, ele ainda é apenas um vampiro, e os vampiros não merecem pena, eles merecem a morte.
Para Xander, é muito mais simples. Ele mostrou uma paixão muito descarada por Buffy. Ele freqüentemente fez comentários maliciosos questionar se Angel poderia ser confiável, muito tempo depois que o resto da "gangue" o aceitou. Agora, o que anteriormente parecia que Xander estava sendo mesquinho e ciumento do relacionamento de Angel com Buffy, foi justificado. Em sua mente, ele "viu isso acontecer". A última coisa que Xander quer é que as coisas voltem ao status quo.