Isso é tudo muito estranho, então eu estou relutante em dar conselhos porque eu não tenho certeza do que está acontecendo.
Eu realmente não vejo como o consulado poderia renunciar a alguns requisitos porque sua esposa está viajando com você e ainda assim insistir em uma taxa. Entendo que é um ou outro: reconhecer o seu direito como cidadão da UE e emitir o visto gratuitamente ou insistir num pedido de visto Schengen completo (incluindo taxa de visto, seguro, documentação sobre a finalidade da estadia, meios financeiros, etc)
Não vejo como alguma tecnicidade em relação à sua certidão de casamento possa fazer qualquer diferença. Você ainda é um cidadão da UE fazendo uso de seu direito à livre circulação, independentemente de qualquer outra cidadania que possa ter (a menos que você seja cidadão do país que pretende visitar, é claro, mas não é o caso aqui).
O problema é que até que você tenha o visto no seu passaporte você está à mercê do consulado. Mesmo que estejam errados, pode ser difícil resolver isso a tempo da sua viagem.
Melhor cenário: você os chama, aponta mais uma vez que acredita que estão incorretos e cedem. Pior cenário: Eles realmente planejam recusar o visto e estão tentando enganá-lo para pagar a taxa e entregar o passaporte para carimbá-lo (geralmente você tem que enviar tudo o que antes você sabe o resultado do a aplicação). Ou eles estão apenas confusos porque não estão acostumados a lidar com pessoas na sua situação e pagar a taxa pode ser a maneira mais fácil de resolver o problema e obter seu visto a tempo, mesmo que isso não seja necessário em princípio. Eu realmente não sei.