A resposta curta é: Ganon / Ganondorf é sempre uma encarnação de "Ganon", então, se isso é ou não é a mesma pessoa, depende de sua definição pessoal. Link, no entanto, raramente é a mesma pessoa, e sempre recebe o nome Link para consistência. Ele é geralmente um herói de estilo diferente "escolhido", sem nenhuma reivindicação à fama na época do início da aventura. Existem algumas exceções
A resposta longa é:
Para entender os vários Links e Ganondorfs / Ganons, primeiro você precisa entender a linha do tempo:
Cronograma oficial
De acordo com o cronograma oficial, os vários Links são separados por centenas de anos, e geralmente têm a mesma idade no momento da escolha. Isso simplesmente mostra que os Links e os Ganon não são as mesmas pessoas físicas.
Agora, enquanto isso pode parecer não relacionado ... o fato é que no caso de Ganon, ele é "meio que" o mesmo cara o tempo todo. Por tipo, quero dizer que ele não é o mesmo corpo físico, mas sempre algum tipo de reencarnação de Ganon. Onde isto fica nebuloso é que o líder do Gerudo é sempre dito ser esta reencarnação de Ganon. Então, ele é meio que o mesmo cara, mas através de vários renascimentos / despertares.
Link, no entanto, às vezes é o mesmo herói, às vezes não. O Link of OOT e Majora's Mask são o mesmo link. Mas o Link for Zelda 1 e o Link to the Past são diferentes. Na verdade, é raro o Link ser a mesma pessoa.
Em Wind Waker, é mencionado que "Link", o menino herói, é sempre escolhido durante um período de perigo dentro de uma era.
Tendo dito isso, os jogos que ocorrem durante a mesma época podem, às vezes, usar o mesmo Link. Note que a maioria dos jogos começa com Link sem status de Herói, geralmente sem espada. Este não é o caso de Majora's Mask, já que Link é um herói na época, mas é despojado de todo o seu equipamento e transformado em um Deku antes do início da aventura.
É irrelevante quem é o despertar do Link of Link, os eventos dentro dele não acontecem realmente.
A teoria da ressurreição
Ficou claro que o espírito de Ganon foi ressuscitado ao longo dos vários cronogramas como um espírito recorrente de ódio, ele muitas vezes tem origens muito diferentes. A única barra comum é que Ganondorf / Ganon é do mesmo espírito.
O item menos claro é que Zelda e Link também podem ser reencarnações um do outro. Isso é sugerido, mas nunca claramente definido. A deusa escolhe um herói para as idades e muitas vezes o imbui com a Espada Mestra (que é sempre a mesma Espada Mestra, a propósito). Independentemente disso, há um ciclo contínuo de ódio de Ganon lançando sua raiva sobre a terra, e um Herói do Tempo assumindo a vontade da deusa para derrubá-lo.
O exemplo mais distante do cânon é claro Skyward Sword. Assistir a sequência final irá explicar toda a coisa cíclica Ganon / Link / Zelda ... mas é um grande spoiler.
Links diferentes
Zelda I e Zelda II (mesma Link, Zelda diferente)
Zelda, Link para o Passado (possivelmente mesmo Zelda como Zelda II, mas diferente Link)
Oráculo das Estações, Oracle of Ages, Link's Awakening (mesmo link em todos os 3)
Ocarina of Time e Majora's Mask (apenas um tem Ganondorf ou Zelda , mesmo link)
Wind Waker e Phantom Hourglass
Twilight Princess (Este é um cronograma alternativo de WW e PH. Então, eu considero que seja um Link diferente, já que ninguém Link experimenta eventos de WW, PH e TP.) Skyward Sword (a mais antiga peça da linha do tempo, a Zelda nesta é dita como sendo a Zelda original, antecedendo Zelda de Zelda II e Link to the Past.
Boné Minnish (esta é uma parte estranha da linha do tempo, mas está claro que você não é um herói no início desta.)