Você precisa dar um depoimento por escrito dizendo que perdeu o passaporte antigo nas enchentes e não pode ser recuperado / retraçado.
Outra questão, quando você perdeu o passaporte em enchentes, você fez alguma queixa formal ao escritório de passaporte / polícia dizendo que o passaporte está perdido ... você tem alguma coisa que comprove o fato?
Se não, você terá que executar vários departamentos diferentes para resolver isso.