Todo o conceito de dia / noite tem que ser basicamente reescrito em uma nave estelar. Dia / noite é afinal um produto do nascer / pôr do sol e quando em órbita, o sol pode subir e se pôr 2-3 vezes por hora.
Eu suspeito que há um tempo de frota estelar universal que é usado na comunicação, provavelmente baseado na sede da frota estelar na Terra (onde há um dia / noite definidos).
No que diz respeito ao fato de que a tripulação de voyager e alienígenas que eles encontram todos parecem estar na mesma escala de tempo, eu sugiro que isso é simplesmente um dispositivo de enredo para agilizar a história. Pessoalmente, eu adoraria um capitão da frota de estrelas para saudar um pássaro de guerra e ver o capitão klingon aparecer em pjones em tons pastel!