Isso provavelmente é dependente de aeronaves, mas posso dar alguns exemplos para os aviões que voei e serão geralmente aplicáveis às aeronaves de categoria de transporte. Entenda que não cobre todos os aviões como regra absoluta.
Em geral, esses tipos de aviões têm um sistema antiderrapante que impede que as rodas travem durante uma frenagem pesada. Se eles travassem completamente, os pneus provavelmente explodiriam, diminuindo bastante a desaceleração e aumentando a probabilidade de sair da pista (seja no final ou fora de um lado).
Os freios de estacionamento costumam ter várias configurações por causa disso. Um ajuste será aquele que pode ser usado quando os freios normais falharem e tiver uma capacidade relativamente baixa de pressão / parada do freio em comparação com os freios normais para proteger os pneus. Usar esta configuração irá parar o avião eventualmente, mas você está melhor com os freios normais que têm uma pressão de freio mais alta com antiderrapante e melhor desaceleração.
Outra configuração teria uma pressão muito maior, destinada a impedir que as rodas girem (enquanto estiver estacionada), e isso seria indesejável durante uma tentativa de aborto.
No final, vou dizer o que costumo dizer: Siga as orientações no AFM. Se ele diz para usar o freio de emergência quando você abortar, então faça isso. Muito provavelmente não será (por causa das razões acima), e você não deve fazê-lo. Se você assumir a responsabilidade de ir contra a orientação deles, você se torna um piloto de testes e está tentando algo que não foi feito antes, ou pior ainda, algo que foi tentado e teve um resultado indesejável.