Parte do propósito da Matriz é garantir que todos os humanos tenham um elemento escolha - o princípio chave em todos os filmes Matrix. A matriz só funciona por causa da escolha. Os seres humanos têm que ser capazes de escolher rejeitar o mundo idealizado e ficcional e de alguma forma viver no mundo real. Portanto, como afirma @SarpSTA, alguns humanos têm permissão para escapar para o mundo funcionar, caso contrário, o sistema inteiro entraria em colapso.
No entanto, tendo dito tudo isso, também está claro que a máquina tentou matá-lo, e poderia ter conseguido fazê-lo. Foi preciso um humano aturdido e enfraquecido que nunca tinha verdadeiramente exercitado seus músculos e o jogado em uma piscina gigante onde ele estava começando a se afogar. Ele não tinha meios de sobrevivência e só conseguiu sobreviver devido ao Nabucodonosor rastrear o localizador na pílula que ele engoliu e resgatou. É inteiramente possível que outros humanos em uma situação similar não sejam liberados a tempo, deixando-os para se afogar.
Editar :
Acabamos de perceber que uma pergunta semelhante foi feita no Sci Fi Stack Exchange: Por que a máquina não matou Neo depois que ele foi expulso? .
@Richard forneceu uma ótima resposta lá, com mais algumas informações, incluindo uma entrevista com Taki Kunitake, Chefe Ilustrador do filme, onde ele afirma que os Wachowskis pretendiam que o Doc Bot o lesse como um corpo morto e, assim, simplesmente descarte dele.