Eu não tenho certeza se o próprio Ultron "sentiu" dor no sentido em que você está pensando. Ele reage como se estivesse ferido, porque ele estava: qualquer Feiticeira Escarlate fez com que aquele corpo em particular parasse de funcionar. Na maior parte, entretanto, o diálogo aqui é simbólico: Wanda está dizendo a Ultron que perder seu irmão parecia ter seu coração arrancado - enquanto ela arrancava o "coração" de Ultron do corpo dele.
Tendo dito isso, é importante ter em mente que o Ultron não é um robô. Ele é uma criatura única: uma combinação de um corpo robótico, uma inteligência artificial projetada por Stark e Banner, e o poder consciente da Pedra da Mente.
Ele certamente parece expressar muitas outras emoções durante o filme, particularmente raiva e nojo. É muito possível que ele seja capaz de reconhecer a sensação de ter uma parte fundamental de sua "anatomia do robô" arrancada de seu corpo e registrá-la como o equivalente da dor.