Os motivos reais podem ser muito mais complicados e muito mais humanos. As máquinas simplesmente não querem que os humanos sejam extintos, assim como nós humanos estamos tentando proteger os tigres siberianos, assim como outras espécies ameaçadas de extinção. Mesmo que um tigre pode matar um humano, dada a chance.
No entanto, proteger humanos é muito mais difícil que os tigres. Você não pode colocá-los em uma jaula, porque então suas mentes se degradarão. Você não pode deixá-los vagar livremente, porque eles provavelmente não sobreviverão no novo mundo, ou porque eles provavelmente continuarão tentando lutar contra as máquinas até que eles se matem. Os humanos não são muito racionais, veja você.Como solução, o conjunto Matrix - Zion foi criado. A Matriz está convenientemente situada ao lado do Sião, para que as pessoas em Sião possam concentrar a maior parte de sua energia em "libertar" outras da Matriz. Além disso, muito convenientemente, o Matrix não possui mecanismos de defesa reais.
Se houvesse apenas Zion sem a Matrix, os humanos estariam tentando desenvolver armas nucleares ou bombas EMP para lançar o ataque às máquinas. Obviamente eles fracassariam, mas também se matariam na tentativa.
Se houvesse apenas Matrix sem Sião, esse sistema correria o risco de entrar em colapso e destruir a humanidade se alguma catástrofe imprevista ocorrer. As máquinas não são muito boas para se adaptar a mudanças repentinas. E eles são vulneráveis a outros fatores imprevisíveis (como o agente Smith). As máquinas sabem disso, mas não podem fazer muito a respeito.
Agora, por que eles precisam destruir Sião de vez em quando? Bem, primeiro de tudo, eles provavelmente não o veem como um grande negócio - a população de Sião é comparativamente baixa. Além disso, eles querem impedi-los de adquirir tecnologias perigosas demais. Além disso, na maioria dos casos, o objetivo não é realmente a destruição, mas sim a ameaça de destruição. Por exemplo, no último filme, várias acusações de EMP poderiam ter destruído a maioria dos invasores. As máquinas sabem disso e provavelmente lançaram o ataque com o objetivo de fracassar, mas deixando os humanos mais assustados. As máquinas não previram, no entanto, que o agente Smith seria capaz de interferir e parar os EMPs.
Então, em resumo, é um plano bem orquestrado para manter os humanos ocupados e vivos.