Estou assumindo, já que estamos falando da Ryanair, que você tem dois ingressos separados. A menos que a política tenha mudado, eles não oferecem voos de conexão em um único ticket, e eles não garantem a conexão. O que isto significa, para a sua pergunta, é que o primeiro agente da Ryanair não se importará com o seu visto em Marrocos, apenas se você pode ser admitido na Alemanha.
Obviamente, você precisará levar os dois passaportes, para depois entrar no Marrocos.