TL; DR: É tudo verdade ... de um certo ponto de vista.
É provável que ainda não tenhamos todos os fatos, pois o arco da história ainda está em andamento. No entanto, podemos especular com base no que ouvimos até agora:
1) Cal & Jiaying estava morando em uma aldeia na China, uma que sabia sobre a habilidade de Jiaying e, portanto, reverenciava tanto ela quanto sua filha (cujo nascimento seria visto como um bom presságio).
2) HYDRA apareceu e sequestrou Jiaying. Cal deixou o bebê com os aldeões. Ele então seguiu Whitehall para a Áustria, mas chegou tarde demais e encontrou Jiaying em pedaços.
3) Uma segunda equipe da HYDRA começou a procurar o bebê na aldeia, mas os moradores fizeram o possível para protegê-la. A equipe inicial da SHIELD apareceu na mesma época, o que resultou em um tiroteio que a SHIELD perdeu. O último agente da SHIELD conseguiu escapar da aldeia com o bebê Daisy, mas morreu debaixo da ponte.
4) Cal voltou para a aldeia e encontrou a HIDRA lutando com os aldeões. Ele abateu a equipe HYDRA, mas quando ele descobriu que Daisy tinha ido embora, ele também foi para o correio e abateu toda a vila também. É possível que ele então tenha escondido as vítimas da HIDRA, possivelmente para esconder seu próprio envolvimento, ou talvez outra equipe da HIDRA tenha aparecido e liberado os corpos da HIDRA.
5) A segunda equipe da SHIELD chegou, apenas para descobrir carnificina & sem agentes da HIDRA - apenas aldeões. Eles também localizaram o agente morto da primeira equipe sob a ponte e partiram com Daisy.
Quanto a Cal dizendo que ele perdeu sua esposa e filho no mesmo dia, parece que a maneira de sua perspectiva. Um dia, eles são uma família cuidando de seus próprios negócios, mas então o dia que Whitehall apareceu foi a última vez que Cal viu sua esposa ou seu bebê (até os eventos do programa).
Além disso, como descobrimos em S2E16 "Afterlife":
Cal is aware that Jiaying is alive. However, it's possible that their relationship was never the same again after the day Whitehall took her from the village. So, in effect, Cal really did "lose" his wife that day, even though she didn't stay dead.