Ele neutraliza os códigos de usuário no edifício, ainda haveria códigos mestres etc. Caso contrário, como a polícia se movimentaria no prédio, e se houvesse um incêndio, etc.
É esse código mestre que John decifrou.
Quanto ao ATM trabalhando diferentemente: O que John parecia ter era um gerador de número de força bruta (talvez com uma pequena IA de otimização), portanto qualquer máquina que dependesse de entrada combinada seria vulnerável a ele. A máquina não foi projetada para funcionar puramente em caixas eletrônicos, isso é apenas a principal coisa que John usou para isso.