É uma homenagem a 2001: Uma Odisséia no Espaço de Stanley Kubrick.
Da FAQ da IMDb :
Joel também explicou isso em uma entrevista. / a>:It's a spoof of the famous jump cut in 2001:A SPACE ODYSSEY, where an ape throws a bone into the sky which suddenly changes to a satellite orbiting the Earth.
One of my favorite 2001 jokes that’s built into Mystery Science Theater that Trace [Beaulieu] came up with [is] when we were designing the Satellite of Love he suggested we made it shaped like a bone. So it’s a manifestation of the frames of the film between when the bone that the “early man” throws up into the air and the space shuttle it turns into in the opening of 2001.
Aqui está a cena em questão (o bit relevante é por volta de 1:30):
Entre as outras notáveis 2001 referências no MST3K é Gypsy fazendo uma impressão HAL que leva à partida de Joel no episódio Mitchell .