Você terá mais problemas com a disseminação de cookies do que qualquer outra coisa, porque sua gordura vai ficar toda quente. Se você tem muita gordura em seus biscoitos, você definitivamente vai querer colocar a massa de volta na geladeira. Se a massa é uma massa dura, e você não espera que seus biscoitos mudem de forma significativamente durante o cozimento, eu não me preocuparia com isso.
Não há preocupação quanto ao desperdício por uma hora ou menos no balcão.