Não há razão para o Mapa do Maroto distinguir entre pais e filhos com o mesmo nome, porque seria extremamente raro que ambos estivessem em Hogwarts ao mesmo tempo. Os adultos só vão a Hogwarts em circunstâncias incomuns, como participar do Torneio Tribruxo ou tirar o filho da escola.
Suponho que haja a possibilidade de dois alunos compartilharem o primeiro e o último nome. Mas isso é muito pequeno, considerando a pequena quantidade de alunos (baseada em 40 crianças no ano de Harry; a matemática horrível de JK Rowling é condenada) e a tendência dos bruxos de dar aos seus filhos nomes bizarros e ultrajantes.
Eu acho que você está olhando para trás. Você está vendo a única instância em que a quantidade de informações que o mapa forneceu foi insuficiente, mas não as centenas de milhares de vezes que isso foi suficiente. Ao usar o mapa para o seu propósito (mal) é basicamente irrelevante se Argus Filch é realmente Argus Filch Jr.
Acho que também mostrava apenas Crabbe e não Crabbe Jr. no sexto livro, quando ele procurava Malfoy, que estava na sala de exigência e eles estavam disfarçados com poção polissuco. Mas eles quase nunca se referiam a ele pelo primeiro nome, embora o tipo de coisa não seja claro.