Só porque a tecnologia ficcional não combina com a sua compreensão da tecnologia do mundo real, isso não significa que ela também não funcione no universo ou fora do universo. Star Trek tem centenas de anos de tecnologia fictícia por trás, o suficiente para que uma fissão sem fusão seja possível, e um navio do tamanho de um pequeno prédio tem um reator de antimatéria que fornece mais energia do que todos os reatores nucleares combinados. É ciência ficção baseada em extrapolação imaginativa de tecnologia conhecida ou teorizada. Você precisa suspender alguma descrença.
Quanto à reação desenfreada, olhe para uma ilha de 3 milhas e um chernobyl. Mesmo com suas falhas, há danos irreparáveis com conseqüências duradouras. No Star trek, eles poderiam ter equipamentos que não funcionassem, ou falhassem em responder a comandos, permitindo que os injetores mantivessem a injeção quando ela parasse, ou os sistemas de resfriamento falhassem enquanto o núcleo não parasse. E a desativação deliberada dos sistemas pode permitir que essas reações ocorram de maneira lenta.