A principal coisa que você afirmou é que eles são todos uma raça na realidade. Então, todos devem ter o mesmo potencial em termos de habilidades que poderiam ter.
Como já foi dito, existem alguns episódios em quase todas as continuidades (mesmo nos filmes) onde os autobots voaram (no G1 até mesmo os dinobots tinham essa habilidade. No universo do filme isso ainda está para ser visto).
Então, por que os autobots não usam essa habilidade com frequência? Em parte porque em algumas continuidades parece que eles não têm. Em outros, como o G1, parece que foi retirado deles (mas há tempo e novamente exceções graças à continuidade do G1). Então, como o universo é uma bagunça, precisamos olhar para a explicação do universo.
E lá é simples: os autobots são na maioria das vezes veículos terrestres (alguns híbridos raros / exceções existem em quase todas as gerações). Enquanto os decepticons são mais frequentemente veículos aéreos e espaciais. Se ambos puderem voar sem se transformar em algo que voe, então temos o problema de que os escritores precisariam de uma razão para que o starscream se transformasse em um plano. Além disso, diminui a diferença entre os autobots e os decepticons e, além disso, é um bom ponto de plotagem. Como isso significa que os enganos são mais difíceis de bater para os autobots, o que aumenta a tensão (em alguns episódios, foi um ponto da trama que os autobots estavam em um penhasco ou em um buraco e não podiam simplesmente voar para fora).
Portanto, no geral: no universo, não há razão para que os autobots não tenham essa habilidade e, além disso, eles sempre demonstraram ter essa habilidade quando ela era interessante ou interessante. Assim, a única razão pela qual sempre parece que eles não o têm é uma razão fora do universo.
(como no exemplo, mesmo nos filmes, temos o otimus de repente voando para o espaço no final do último filme, enquanto em T3 eles precisavam de uma nave espacial para fazer o mesmo).